Le premier sous-sol est celui d'entrée avec l’ascenseur qui mène aux autres niveaux et également un système d'anneaux de transport (qui est encore en panne.)

Au second sous-sol vous trouverez la base tactique avec la porte des étoiles les entrepôts d'armes, la salle d'entrainement des militaires, le hangar à Jumper et l'atelier mécanique.

Le troisième sous-sol lui vous donnera accès aux laboratoires de recherches, ainsi que l'infirmerie et les blocs opératoire.

Le quatrième sous-sol lui est réservé aux logements du personnel et des civils de la base. Cette partie possède également des espaces détente et de restauration collective.

La base possède encore une multitude de sous-sol inexplorés. Ils ne sont pour le moment accessible qu'au personnel autorisé. Les risques d'effondrement sont nombreux y aller sans le matériel adéquat serait extrêmement dangereux.